病毒感染需根據具體病原體類型選擇抗病毒藥物，常見治療藥物包括奧司他韋流感病毒、阿昔洛韋皰疹病毒和利巴韋林呼吸道合胞病毒。病毒感染的用藥需嚴格遵循醫生指導，不可自行調整劑量或療程。
抗流感病毒藥物中，奧司他韋能抑制神經氨酸酶活性，適用于甲型、乙型流感；扎那米韋通過吸入給藥，可減少病毒擴散。皰疹病毒感染常用阿昔洛韋，該藥物通過干擾病毒DNA復制發揮作用；泛昔洛韋作為前體藥物，生物利用度更高。
針對呼吸道合胞病毒，利巴韋林可采用霧化吸入方式給藥；而更昔洛韋主要用于巨細胞病毒感染。部分病毒感染如普通感冒具有自限性，通常只需對癥治療，如使用對乙酰氨基酚緩解發熱癥狀。
特殊病毒感染需聯合用藥，艾滋病患者需長期服用替諾福韋聯合拉米夫定等抗逆轉錄病毒藥物。用藥期間需監測肝腎功能，出現皮疹、嘔吐等不良反應應及時就醫。孕婦及肝病患者用藥前需評估風險收益比。
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