牙菌斑最怕的克星是機械性清除和化學抑菌劑的聯合使用。牙菌斑的清除主要依賴物理清潔手段和抗菌成分的輔助作用，具體方式包括正確刷牙、使用牙線、含氟牙膏及氯己定漱口水等。
機械性清除是去除牙菌斑的核心方法。巴氏刷牙法能有效清潔牙齦溝和牙面，建議使用軟毛牙刷以水平顫動法清潔牙齒鄰面。牙線可清除牙縫間的菌斑，尤其適用于牙齒排列緊密者。牙間隙刷適用于牙齦萎縮造成的較大牙縫。
化學抑菌劑能輔助控制菌斑再生。含氟牙膏中的氟化物可增強牙釉質抗酸能力，抑制致齲菌代謝。氯己定漱口水具有廣譜抗菌作用，適用于牙齦炎急性期短期使用。聚維酮碘漱口水對多種口腔致病菌有抑制作用。
電動牙刷通過高頻振動可提升菌斑清除效率。聲波電動牙刷的刷毛擺動頻率可達每分鐘31000次，比手動刷牙清除菌斑效果提升21%。旋轉擺動型電動牙刷對鄰面菌斑清除效果顯著。
專業潔治是清除頑固菌斑的有效手段。超聲波潔牙機通過高頻振蕩破碎齦上牙石，噴砂拋光能清除色素沉積。對于齦下菌斑，需進行根面平整術等牙周治療。定期口腔檢查可早期發現菌斑鈣化形成的牙結石。
牙菌斑控制需要建立長期維護機制。建議每3-6個月進行專業潔治，糖尿病患者等高風險人群需縮短復查間隔。唾液分泌減少者可使用無糖口香糖刺激唾液分泌，發揮口腔自潔作用。
