牙萌出異常通常可以預防。預防措施主要與口腔衛生維護、飲食習慣調整、定期口腔檢查、避免不良習慣以及遺傳因素監測有關。
保持良好口腔衛生是預防牙萌出異常的基礎。每天至少刷牙兩次，使用含氟牙膏，配合牙線清潔牙縫，能有效減少牙齦炎癥和乳牙滯留風險。兒童乳牙過早脫落或滯留都可能影響恒牙正常萌出，需特別注意乳牙期的口腔護理。
均衡飲食對牙齒發育至關重要。鈣、磷等礦物質和維生素D的充足攝入能促進牙槽骨健康發育。避免長期食用過于精細或粘性食物，減少含糖飲料攝入，可降低乳牙齲壞和恒牙萌出受阻的概率。適當咀嚼硬質食物如蘋果、胡蘿卜，能刺激頜骨發育。
每半年進行一次專業口腔檢查能早期發現潛在問題。通過全景X光片可評估恒牙胚發育狀態，對多生牙、阻生牙等問題實現早診斷。正畸醫生能根據牙弓發育情況預測萌出異常風險，必要時采取間隙保持器等干預措施。
糾正吮指、口呼吸等不良習慣有助于預防牙列畸形。長期吮指可能導致前牙開頜，口呼吸會影響頜骨三維發育。早期進行肌功能訓練，使用唇擋等矯治器，可減少這些習慣對牙萌出的影響。
對于有家族遺傳傾向的情況需加強監測。先天性缺牙、牙瘤等疾病具有遺傳性，直系親屬有相關病史時，建議在替牙期進行基因檢測和專科評估。少數情況下牙萌出異常與全身性疾病相關，如甲狀腺功能減退或顱鎖骨發育不全綜合征，需多學科協作管理。
