嬰幼兒百日咳的確診需結合臨床癥狀、實驗室檢查和流行病學史綜合判斷。典型表現為陣發性痙攣性咳嗽伴雞鳴樣回聲，病程可持續2-3個月，醫學上稱為"百日咳綜合征"。
臨床診斷主要依據三大特征：咳嗽發作呈陣發性痙攣性，咳嗽末伴隨高調雞鳴樣吸氣性吼聲，咳嗽后嘔吐或面紅耳赤。新生兒可能僅表現為呼吸暫停或發紺，需特別警惕。癥狀發展通常經歷卡他期1-2周、痙咳期2-6周和恢復期2-3周三個階段。
實驗室確診方法包括鼻咽拭子PCR檢測百日咳鮑特菌DNA，該方法靈敏度達90%以上，是現行金標準。細菌培養陽性率隨病程進展下降，發病3周后檢出率不足50%。血清學檢測IgG抗體需比較急性期和恢復期雙份血清，適用于后期回顧性診斷。
對于未接種疫苗的密切接觸者，即使癥狀不典型也應考慮疑似病例。2月齡以下嬰兒出現不明原因呼吸暫停、抽搐或肺炎時，需立即進行百日咳相關檢測。確診患兒需隔離治療至有效抗生素使用5天后，或痙咳開始后21天。
百日咳屬于法定報告傳染病，醫療機構發現病例后需24小時內網絡直報。預防措施包括按時接種含百日咳成分的聯合疫苗如DTaP，接觸者預防性使用抗生素，以及孕婦孕晚期接種疫苗通過胎盤傳遞抗體保護新生兒。
