瞳孔并非黑色，而是呈現深褐色或接近黑色的外觀。瞳孔顏色由虹膜色素決定，光線不足時因瞳孔擴大更顯深色。
虹膜基質中的黑色素含量直接影響瞳孔視覺顏色。東亞人群虹膜色素密度較高，瞳孔在自然光下呈深褐色；高加索人群因虹膜色素較少，瞳孔可能呈現灰藍色或綠色。瞳孔本身是透明的晶狀體前部開口，其深色外觀源于眼球內部結構對光線的吸收。
觀察瞳孔顏色需注意光線條件。強光照射時瞳孔收縮，虹膜紋理清晰可見；暗環境下瞳孔直徑可擴大至8毫米，此時更多光線進入眼內，黑色素吸收所有可見光譜導致視覺上呈現近黑色。部分動物如貓科動物的瞳孔在弱光下會反射出綠色或金色，這與人類瞳孔的視覺機制存在差異。
日常護眼需避免強光直射，戶外活動佩戴防紫外線眼鏡可減少虹膜色素細胞損傷。定期眼科檢查能及時發現瞳孔異常變化，如單側瞳孔擴大可能提示顱腦病變。保持充足睡眠有助于維持瞳孔對光反射的靈敏度，用眼每20分鐘應遠眺20秒緩解調節疲勞。
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