益生菌是指給予一定數量的、能夠對宿主健康產生有益作用的活的微生物，是目前臨床上使用最為廣泛的微生態制劑。2017年版《益生菌兒科臨床應用循證指南》指出益生菌在臨床上常用于胃腸道疾病、新生兒疾病、過敏性疾病等。益生菌為活的微生物，對抗菌藥比較敏感，通常應避免與抗菌藥同時服用（芽孢桿菌制劑、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌可以和抗菌藥同時服用）。若因病情需要，要求益生菌與抗菌藥合用，應加大益生菌劑量或錯開服藥時間，最好間隔2-3小時以上。
蒙脫石散為胃腸粘膜保護劑，可吸附胃腸道內的細菌，因此益生菌與胃腸粘膜保護劑合用至少間隔1小時。
益生菌、蒙脫石和抗菌藥同時服用時可首先服用抗菌藥物，以殺滅病原菌，1小時后服用蒙脫石散等吸附性藥物，來吸附和清除病原菌，再過1小時服用益生菌調節和恢復腸道菌群，發揮各自的最大療效。
此外，益生菌不可以長期服用，長期使用或濫用會破壞兒童自生的益生菌群，導致腸道功能逐漸喪失自身繁殖有益菌的能力。
