補中益氣丸需避免與解表藥、寒涼藥、瀉下藥、抗凝藥及含相同成分的中成藥聯用，可能降低藥效或增加不良反應風險。
1、解表藥：
補中益氣丸以升陽舉陷為主，若與麻黃、桂枝等解表發汗藥同用，可能因過度耗氣而抵消補益效果。典型藥物包括感冒清熱顆粒、荊防顆粒等，兩類藥物建議間隔2小時以上服用。
2、寒涼藥：
黃連、黃芩等清熱瀉火藥性味苦寒，與溫補性質的補中益氣丸存在藥性沖突。聯合使用可能引發腹瀉、腹痛等脾胃虛寒癥狀，常見配伍禁忌藥物有牛黃解毒片、雙黃連口服液。
3、瀉下藥：
大黃、番瀉葉等瀉下攻積藥會加速腸道蠕動，影響補中益氣丸中黃芪、黨參等補氣成分的吸收。需特別注意避免與麻仁潤腸丸、復方蘆薈膠囊同時服用。
4、抗凝藥：
補中益氣丸含當歸等活血成分，與華法林、阿司匹林等抗血小板藥物聯用可能增加出血風險。術后或心腦血管疾病患者需在醫生指導下調整用藥方案。
5、同類中成藥：
人參健脾丸、歸脾丸等具有相似補氣功效的中成藥，與補中益氣丸聯用可能導致成分過量。表現為頭暈、燥熱等不良反應，建議辨證選擇單一方劑。
服用補中益氣丸期間建議清淡飲食，避免生冷油膩食物影響脾胃運化功能。可配合八段錦、太極拳等溫和運動增強氣血運行，用藥2周后若出現口干、便秘等不適需及時復診調整用藥方案。慢性病患者聯合西藥治療時，需嚴格遵循醫囑控制服藥間隔時間。
