使用碘酊時需注意避免接觸眼睛和黏膜、過敏體質者慎用、不可與紅藥水同用、傷口面積過大時禁用、需避光密封保存。
碘酊具有刺激性，直接接觸眼睛或口腔、鼻腔等部位可能引發灼傷。若不慎入眼應立即用大量清水沖洗，皮膚敏感者使用后可能出現紅斑或瘙癢，此時應停用并用酒精擦拭殘留藥液。兒童使用時需由成人監督，避免誤食或誤觸。
對碘過敏者可能出現皮疹、呼吸困難等過敏反應，初次使用前可先在手腕內側小面積測試。甲狀腺疾病患者長期大面積使用可能影響甲狀腺功能，妊娠期婦女應咨詢醫生意見。使用后出現皮膚腫脹或灼熱感應立即停藥就醫。
碘酊與紅藥水混合會產生碘化汞毒性物質，兩者需間隔24小時以上使用。與硫柳汞等含汞制劑同用會降低消毒效果，與堿性物質接觸會中和有效成分。外科手術消毒時需待碘酊完全干燥后再覆蓋敷料，避免與橡膠制品長時間接觸。
碘酊適用于小面積淺表傷口消毒，深度創傷、燒傷或潰瘍面使用可能延緩愈合。嬰幼兒臍部護理建議改用碘伏，糖尿病患者足部傷口慎用。大面積皮膚破損使用可能導致碘吸收中毒，表現為惡心、金屬味等全身癥狀。
碘酊需存放于避光密閉容器中，光照或高溫會導致有效碘揮發失效。開瓶后有效期一般為3個月，久置后顏色變淺提示藥效降低。棉簽蘸取時避免瓶口污染，家庭存放需置于兒童無法觸及處，遠離易燃物品。
日常使用碘酊消毒后可用75%酒精脫碘減少皮膚刺激，破損皮膚消毒建議優先選擇刺激性更小的碘伏溶液。定期檢查家庭藥箱中碘酊的有效期和性狀變化，過期藥品應及時處理。進行傷口護理前需清潔雙手，消毒時應從傷口中心向外周螺旋涂擦，重復涂抹會降低殺菌效果。特殊人群使用前應詳細閱讀說明書或咨詢醫療專業人員，出現異常反應需及時停用并就醫評估。
