蒙脫石散臨床上主要用于成人及兒童的急慢性腹瀉，同時可以用于食道、胃、十二指腸疾病引起的相關疼痛癥狀的輔助治療。蒙脫石散是可以緩解腸炎的腹瀉癥狀，但是不能治療腸炎。腸炎的治療還是要針對病因治療。
腸炎是細菌、病毒、真菌和寄生蟲等引起的小腸炎和結腸炎。臨床表現主要有腹痛、腹瀉、稀水便或黏液膿血便。
細菌性腸炎時，一般可以在醫生的指導下用復方新諾明，慶大霉素或者丁胺卡那霉素等抗生素殺菌的同時，配合服用蒙脫石散，起到止瀉、保護腸道粘膜的作用，其次是補充液體及糾正電解質和酸中毒。
在服用蒙脫石散以后，其中的化學成分蒙脫石遇水以后，通過顆粒間的滲透膨脹和層間水化，起到保護黏膜的作用。蒙脫石散主要附著在腸黏膜表面，起到保護腸黏膜的作用。蒙脫石散可以改善細胞正常的吸收與分泌功能，減少腸細胞的運動失調和水電解質的流失。僅僅作用于消化道，不改變正常的腸蠕動和大便顏色，不良副作用較少。
成人腹瀉患者常用量是一次1袋，一日3次；1歲以下的兒童每日1袋，1-2歲的兒童每日1-2袋，2歲以上的兒童每日2-3袋，均分三次服用。一般一袋倒入約50ml的溫水中，攪勻后服用。當患者存在急性腹瀉時，蒙脫石散的首次劑量加倍。
