鰓裂瘺管不治療可能導致局部反復感染、瘺管擴大、頸部畸形、吞咽或發音功能障礙，嚴重時誘發周圍組織惡變。
1、感染風險：
鰓裂瘺管作為先天性異常通道，長期暴露易滋生細菌。瘺管內分泌物滯留可引發頸部紅腫熱痛，形成膿腫需切開引流。金黃色葡萄球菌、鏈球菌等病原體可能經瘺口侵入深層組織，導致蜂窩織炎或敗血癥。
2、瘺管擴張：
未處理的瘺管受分泌物持續刺激，管壁逐漸增厚擴張。部分患者瘺管直徑從1-2mm發展為5mm以上，增加繼發感染概率。擴張的瘺管可能壓迫鄰近迷走神經，引起反射性咳嗽。
3、外觀畸形：
反復炎癥使頸部皮膚形成瘢痕攣縮，出現凹陷或隆起性病變。第二鰓裂瘺可能導致胸鎖乳突肌前緣可見瘺口，影響美觀。兒童期未干預可能隨生長發育加重畸形程度。
4、功能損害：
第三、四鰓裂瘺長期存在可能累及喉返神經，表現為聲音嘶啞或飲水嗆咳。瘺管延伸至梨狀窩可造成吞咽異物感，嚴重者出現營養攝入障礙。持續性炎癥反應可能破壞甲狀軟骨結構。
5、惡變可能：
慢性炎癥刺激使瘺管上皮細胞異常增生，鱗狀上皮化生區域可能發展為癌前病變。臨床報道顯示長期未治療的鰓裂瘺存在0.5%-1%的惡變率，病理類型多為鱗癌或腺樣囊性癌。
鰓裂瘺管患者需避免辛辣刺激飲食，優先選擇清蒸魚、百合粥等清淡食物。日常保持頸部清潔干燥，游泳時使用防水敷料保護瘺口。建議進行頸部旋轉訓練增強肌肉代償，但需避免劇烈球類運動。出現分泌物增多或頸部包塊時需立即進行超聲檢查，手術切除是根治性治療方案，術后需定期耳鼻喉科隨訪。
