(1)新生兒的肝酶系統的相對不足，同時腎排泄能力又差，一些毒性大的抗菌藥，如主要經肝代謝的氯霉素、磺胺藥，主要自腎排泄的氨基糖竹類、萬古霉素、多黏菌素類、四環素類、呋喃類藥等均應盡量避免給兒童應用。
(2)四環素類(四環素、地霉素、地美環素、多西環素、米諾環素)可與新形成骨和牙齒中所沉積的鈣相螫合，從而引起牙齒的色素沉著牙釉發育不全(黃褐牙)，進而易于發生齲齒，故對新生兒或8歲以下兒童禁用。
(3)氨基糖苷類抗生素(鏈霉素、慶大霉素、卡那霉素、新霉素、阿米卡星)對兒童的腎和聽神經有嚴重損害，年齡越小的嬰幼兒其腎功能發育不良而對這些藥排泄越慢。因此，常造成藥物性腎炎和聽神經功能障礙而致耳聾，部分小兒造成永久聽力下降和聽力喪失。
(4)氟喹諾酮類藥(諾氟沙星、氧氟沙星、依諾沙星、環丙沙星、培氟沙星、洛美沙星、左氧氟沙星、司帕沙星)最突出的不良反應是對幼年動物的軟骨可致損害，使承重的骨關節細胞出現水泡和受損，雖在人類中尚未發現，但少數病例曾出現嚴重關節痛和炎癥。因此，不宜用于骨骼系統未發育完全的1 8歲以下的兒童。
(5)氯霉素類可致再生障礙性貧血、白細胞減少等不良反應，特別是長期、大量使用時更甚，對兒童不宜使用。
