在最惠國稅率方面，明年將繼續履行加入世界貿易組織的關稅減讓承諾，進一步降低鮮草莓、對苯二甲酸等45商品的進口關稅；繼續對小麥、玉米、稻谷和大米、糖、羊毛、毛條、棉花等7種農產品和尿素、復合肥、磷酸氫二銨等3種化肥實行關稅配額管理，尿素、復合肥、磷酸氫二銨繼續執行1%的配額稅率；繼續對關稅配額外進口一定數量的棉花實行滑準稅，并對滑準稅公式作進一步完善；對凍雞、啤酒等55種商品繼續實行從量稅或復合稅。調整后，2008年的關稅總水平為9．8%，其中，農產品平均稅率為15．2%，工業品平均稅率為8．9%。
為有效發揮關稅在支持農業生產、促進經濟發展方式轉變、優化經濟結構和促進貿易平衡方面的宏觀調控作用，明年將對600多種商品實行進口暫定稅率，主要包括煤炭、石料、燃料油等資源能源類產品；多晶硅、柴油發動機等重要原材料和關鍵設備及零部件；X光片、人造血漿原料、家用電器等與公共衛生相關的產品及部分家居生活用品等。繼續對進口天然橡膠實行選擇稅。同時，進一步限制高能耗、高污染產品出口，繼續以暫定稅率的方式對煤炭、原油、金屬礦砂等產品征收出口關稅，并將對木漿、焦炭、鐵合金、鋼坯、部分鋼材等生產能耗高、對環境影響大的產品開征或提高出口關稅。此外，繼續對尿素、磷酸氫二銨等化肥出口征收季節性關稅。
為擴大雙邊多邊經貿合作，促進區域經濟發展，我國將依據中國-東盟自由貿易區協議、中國-智利自由貿易區協定、中國-巴基斯坦自由貿易區協定、《亞太貿易協定》，對原產于東盟十國、智利、巴基斯坦、韓國、印度、斯里蘭卡、孟加拉等國家的部分進口商品實行比最惠國稅率低的協定稅率。在內地與香港、澳門更緊密經貿關系安排框架下，繼續對原產于港澳地區且完成原產地標準核準的產品實行零關稅。繼續對原產于老撾等東南亞4國、貝寧等非洲30國、也門等5國，共39個最不發達國家的部分商品實行特惠稅率。
為進一步落實產業和稅收政策，適應科學技術進步和加強進出口管理的需要，在符合世界海關組織《商品名稱及編碼協調制度》列目原則的前提下，對進出口稅則中部分稅目進行了調整，我國2008年版進出口稅則稅目總數由2007年的7646個增至7758個。
