藥艾條中的中藥末，灸治時隨艾條燃燒形成藥煙，通過對穴位或病變部位的藥理作用，可以收到比單純艾條更顯著的功效，但如果使用不當，藥艾條對人體也會產生一定的毒性反應。
有些藥艾條含有雄黃，雄黃不僅具有燥濕、祛風、解毒的功效，還具有一定的毒性。古人曰:"雄黃見火毒如砷。"硫化砷是雄黃的主要成分，在有氧條件下加熱可形成氣態的三氧化二砷。據測定，每根藥艾條含雄黃約123毫克。正常情況下，雄黃含雜質不超過10%，每根藥艾條含純雄黃不少于110.7毫克。每根藥艾條燃燒時，可產生102.4毫克三氧化二砷。當空氣中的含量超過0.3毫克時，三氧化二砷是一種劇毒物質，對人體有不同程度的毒害。
使用過藥艾條的人可能會有這樣的經歷或見解。有的患者或家屬在艾灸治療過程中出現咽癢、流淚、口干等癥狀，有的患者隨后出現流口水、頭痛、頭暈、心悸、胸悶、乏力、惡心、腹痛等嚴重癥狀，甚至出冷汗、嘔吐、腹瀉、腹瀉、尿少、或血尿、皮膚蒼白、發冷、肌肉疼痛等。癥狀是砷中毒的表現，無論嚴重程度如何。
因此，在使用艾條時，必須注意良好的室內通風，選擇不易吸入煙霧的位置，必要時戴防護口罩，艾灸后立即打開窗戶通風，移動者立即起床離開煙霧環境；購買安全范圍內含砷的合格艾條；連續使用艾條用艾條，禁止孕婦、兒童和過敏體質。一旦出現更嚴重的中毒癥狀，應立即去醫院治療。
