膠囊內鏡檢查通常安全可靠，對身體無明顯危害。該檢查通過吞服微型攝像頭膠囊，無創觀察消化道情況，過程中無輻射、無麻醉風險。
膠囊內鏡采用一次性無菌設計，避免交叉感染。膠囊外殼為醫用高分子材料，可耐受消化液腐蝕，最終隨糞便自然排出。檢查期間患者可自由活動，不影響正常飲食需避開金屬類食物。極少數情況下可能出現膠囊滯留，多見于腸道狹窄或克羅恩病患者，發生率不足1%，此時需通過腹部X光定位后由醫生處理。
孕婦及6歲以下兒童需謹慎評估，電磁信號可能對胎兒發育存在理論風險。心臟起搏器患者需提前告知膠囊發射的射頻信號可能短暫干擾起搏器工作。吞咽困難者可在內鏡輔助下送入膠囊，避免誤吸風險。檢查后2周內應避免接受磁共振檢查，以防膠囊金屬部件受磁場影響移動。
檢查前需空腹8小時確保胃部清潔，服用清腸劑可提升小腸顯影清晰度。術后多飲水促進膠囊排出，觀察排便情況直至確認膠囊排出。日常飲食可增加富含膳食纖維的燕麥、芹菜等食物促進腸道蠕動，適度散步也有助于膠囊轉運。若72小時后仍未發現膠囊排出或出現腹痛腹脹，需及時就醫進行腹部平片檢查。
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