連花清瘟膠囊/顆粒是應用中醫絡病理論指導研發的用于治療病毒類呼吸系統傳染病的代表性中成藥，在SARS、甲流、新冠肺炎等疫情防控中發揮重要作用。作為國家中醫藥重大成果“三方三藥”之一，連花清瘟已列入國家衛健委《新型冠狀病毒肺炎診療方案》（試行第四/五/六/七/八/九版）及國家中醫藥管理《新冠肺炎感染者居家中醫藥干預指引》推薦用藥。30余次列入病毒類呼吸系統傳染病國家權威指南共識推薦用藥，成為應對呼吸系統公共衛生事件的品牌中成藥。應用廣泛、用藥安全、療效確切，使其在我國及世界新冠肺炎疫情防控中發揮了積極作用。
臨床前安全性評價結果顯示，連花清瘟在急性毒理、長期毒理和安全藥理等方面均具有良好安全性，未見肝腎功能損傷。依據《中藥新藥研究指南》要求進行的單次給藥毒性試驗及一個月長期毒性給藥試驗結果表明，連花清瘟對大鼠一般狀況、體重、血象、生化指標及主要臟器均無明顯影響，也未見肝腎功能異常反應。急性毒性實驗研究結果顯示，連花清瘟給藥大鼠劑量達到18g/kg，相當于人臨床用量的453倍，未出現藥物相關毒性反應。長期毒性研究中使用劑量相當于人臨床用量24倍和145倍，犬、大鼠連續給藥4周，未出現不良反應。安全藥理研究通過開展單次灌胃給藥對大鼠中樞神經系統、灌胃給藥對犬心肺功能影響的研究，結果表明連花清瘟對心血管系統、呼吸系統和神經系無影響，未見肝腎功能異常。
連花清瘟自上市以來，已開展了百余項臨床研究，Meta分析顯示在治療流感、呼吸道感染、肺炎、新冠肺炎等疾病方面均具有良好的安全性。一項連花清瘟自上市至2021年2月的217項臨床研究不良反應的Meta分析，涉及連花清瘟治療流感、呼吸道感染、肺炎、新冠肺炎等疾病的臨床研究，結果顯示連花清瘟或聯合常規藥物組較常規藥物組總的不良反應發生率降低（P＜0.001），未見與連花清瘟有關的肝腎功能損傷不良反應。該Meta分析中發現的連花清瘟主要不良反應與國家藥品不良反應監測中心監測到的惡心、腹瀉、嘔吐、皮疹、瘙癢等不良反應一致，并已在2019年3月以嶺藥業對連花清瘟藥品說明書進行的修訂中得到了體現。
此外，通過檢索PubMed、CNKI連花清瘟治療新冠肺炎的Meta分析文章共10篇，分析結果均顯示在常規治療基礎上，連花清瘟不僅在提高總有效率、提高癥狀消失率和CT好轉率、降低轉重癥率方面顯示出確切的臨床療效，而且具有良好的安全性，應用連花清瘟未增加不良反應發生率，未見肝損傷不良反應的報道。
針對無癥狀感染者，連花清瘟治療新冠病毒無癥狀感染者隨機對照研究顯示，連花清瘟在14天的隔離觀察期間明顯提高無癥狀感染者核酸轉陰率81.21%，核酸轉陰時間較對照組縮短7天（近50%），降低臨床癥狀出現比例47.5%，降低轉為普通型比例51.4%，且無記錄嚴重不良事件。此外，針對密切接觸者，完成連花清瘟前瞻性開放標簽1976例真實世界研究，結果顯示，密接及次密接人群預防應用連花清瘟后核酸檢測陽性率較對照組降低76%，發熱癥狀的發生率較對照組降低85%，服用連花清瘟具有良好的安全性。
