咳嗽不小心打了新冠疫苗需加強后期監測，若無其他不良反應，可積極治療原發疾病。咳嗽期間注射新冠疫苗一般不會出現嚴重后果,如果是慢性咽炎造成的干咳，患者可以根據具體病因進行治療，常用復方硼沙溶液、呋喃西林溶液、2%的硼酸液含漱以保持口腔的清潔，或含服含片，如碘含片、薄荷含片、西瓜霜含片、銀黃含片等。也可用復方碘甘油、5%硝酸銀溶液涂抹咽部，或者選擇特布他林，布地奈德，異丙托溴銨進行壓縮霧化進行治療。如果是因為感冒引起的咳嗽，存在呼吸道感染的問題，注射新冠疫苗后可能會導致咳嗽癥狀的加重，也有可能會引起些副作用，如頭痛、發熱等。患者可以在醫生的指導下，給予患者口服止咳化痰的藥物進行治療，如鹽酸氨溴索、氨溴特羅口服溶液等，平時要注意飲食清淡，多吃新鮮蔬菜水果，不要吃油炸、辛辣、刺激性的食物。如果是過敏性咳嗽，注射新冠疫苗后可能會導致咳嗽加重，誘發哮喘，患者要積極進行抗過敏治療，同時警惕哮喘癥狀的發生。
通常情況下，新冠疫苗在人體健康沒有疾病的狀況下接種，可以起到更好的免疫效果。因此，在咳嗽期間建議盡量避免接種新冠疫苗，如果還需要打新冠疫苗第二針、加強針，可以適當推遲接種疫苗的時間，等咳嗽癥狀消退后再進行接種。若對于自身咳嗽的程度并不了解，也可以及時向當地的接種點咨詢，明確是否可以接種。
