六君子丸不適合脾胃濕熱證、陰虛內熱證及對藥物成分過敏的人群服用。該中成藥主要用于脾胃虛弱引起的食少便溏、氣短咳嗽等癥狀，但特定體質或病癥患者需禁用或慎用。
脾胃濕熱證患者表現為舌苔黃膩、口干口苦、脘腹脹滿，服用六君子丸可能加重濕熱癥狀。這類人群需先清熱化濕，待濕熱消退后再考慮調理脾胃。
陰虛內熱證患者常見手足心熱、夜間盜汗、舌紅少苔，六君子丸中的人參、白術等溫補藥材可能助熱傷陰。此類體質建議選用養陰清熱類中藥如麥味地黃丸。
對藥物成分過敏者禁用，六君子丸含半夏等可能引起過敏反應的藥材。過敏體質者初次服用應觀察是否出現皮膚瘙癢、紅腫等不良反應。
孕婦及哺乳期婦女需在中醫師指導下使用。兒童、年老體弱者應調整劑量，避免過量服用導致腹脹等不適。正在服用其他藥物的患者需注意配伍禁忌，如含烏頭類中藥可能產生毒性反應。
急性胃腸炎、消化道出血等急癥患者不宜自行服用。若服藥兩周后癥狀未緩解，或出現惡心嘔吐等新發癥狀，應立即停用并就醫。
