真菌可通過白僵菌、綠僵菌、擬青霉菌、木霉菌、輪枝菌等種類實現生物防治作用，其作用機制包括寄生、競爭營養或產生抗菌物質。
1、白僵菌：
白僵菌通過體壁侵入昆蟲體內繁殖，導致宿主死亡，對鱗翅目害蟲防治效果顯著。該菌可制成粉劑或懸浮液噴灑，環境濕度需保持60%以上以促進孢子萌發。使用時應避免與化學殺菌劑混用，對人畜安全但可能引起過敏反應。
2、綠僵菌：
綠僵菌主要防治地下害蟲和鞘翅目昆蟲，其代謝產物破壞昆蟲表皮結構。田間應用時配合有機肥可提高菌群定殖率，最適作用溫度為25-30℃。該菌對蝗蟲防治效果達70%以上，持續效果可達2-3個生長季。
3、擬青霉菌：
擬青霉菌通過分泌幾丁質酶分解昆蟲體壁，對蚜蟲和粉虱等刺吸式害蟲有效。菌劑與0.5%糖水混合噴灑可增強引誘效果，陰天施用能延長孢子存活時間。該菌與植物共生時還能促進根系發育。
4、木霉菌：
木霉菌通過競爭空間和養分抑制植物病原真菌，對鐮刀菌和絲核菌防治效果突出。固體發酵培養后可直接施入土壤，配合秸稈覆蓋能提高菌群活性。該菌株還能分解有機質釋放磷鉀元素。
5、輪枝菌：
輪枝菌產生的輪枝孢素可穿透線蟲體壁，對根結線蟲防效達80%。菌劑灌根時保持土壤含水量40%效果最佳，與淡紫擬青霉混用可擴大防治譜。該菌在pH6-7.5的土壤中活性最強。
應用真菌防治時需根據目標生物選擇專用菌種，配合增施腐殖酸改善微生物生存環境。作物收獲前20天應停止施用，儲存菌劑需避光防潮。柑橘園可交替使用白僵菌和綠僵菌防治潛葉蛾，蔬菜大棚采用木霉菌拌土預防猝倒病，玉米田用擬青霉菌葉面噴霧防治粘蟲。生物防治需持續使用3年以上才能建立穩定微生物群落。
