治慢性結腸炎的藥物包括氨基水楊酸制劑如柳氮磺吡啶、奧沙拉秦等；糖皮質激素類如地塞米松、強的松等；免疫抑制劑和生物制劑如硫唑嘌呤或巰嘌呤、環孢素A等。需要根據不同的類型、不同治療目的及病情輕重選擇合適的藥物。
氨基水楊酸類藥物是輕、中型潰瘍性結腸炎治療的主要藥物，通過在腸道內發揮局部黏膜抗炎作用起效。氨基水楊酸類藥物也被設計成在腸道釋放的前體藥物或緩、控釋制劑，如美沙拉秦緩釋顆粒，增強藥物的利用率，減輕不良反應。
糖皮質激素是目前控制病情活動的有效藥物，作用機制為非特異性抗炎和抑制免疫反應。一般適用于氨基水楊酸制劑治療無效、急性發作期或重癥患者。注意減藥速度不宜太快，以防癥狀復發或出現撤藥反應。
硫唑嘌呤或巰嘌呤可用于對糖皮質激素治療效果不佳或對糖皮質激素依賴的慢性活動性患者，加用這類藥物后可逐漸減少糖皮質激素用量甚至停用。環孢素A起效快，主要適用于對大劑量靜脈滴注糖皮質激素無反應的急性重癥UC患者。
建議慢性結腸炎患者要在專業醫生的指導下進行用藥，不可擅自用藥或者換藥，要嚴格遵守醫囑。
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