六君子丸和香砂六君子丸的主要區別在于成分和功效。六君子丸由黨參、白術、茯苓、甘草、陳皮、半夏組成，主要用于脾胃虛弱引起的食欲不振、腹脹便溏；香砂六君子丸在六君子丸基礎上增加了木香和砂仁，增強了行氣止痛、化濕和胃的功效，更適合脾胃虛寒兼氣滯導致的脘腹脹痛、噯氣嘔吐。
六君子丸的基礎配方包含黨參、白術、茯苓、甘草、陳皮、半夏六味藥材，核心作用是補氣健脾、燥濕化痰。香砂六君子丸則額外添加木香和砂仁兩味藥材，木香能行氣調中止痛，砂仁可化濕開胃止嘔，兩者協同增強了理氣化濕的功效。
六君子丸側重改善脾胃氣虛引起的消化不良、大便稀溏等基礎癥狀。香砂六君子丸因含木香和砂仁，對脾胃虛寒合并氣滯的癥狀效果更顯著，如胃脘冷痛、腹脹噯氣、惡心嘔吐等，尤其適合寒濕氣滯型胃腸功能紊亂。
六君子丸適用于慢性胃炎、腸易激綜合征的脾胃虛弱證型。香砂六君子丸更常用于功能性消化不良、胃潰瘍等伴有明顯脹痛、反酸的病癥，其溫中行氣作用能更快緩解急性癥狀。
兩者均禁用于實熱證患者，但香砂六君子丸因含辛溫藥材，陰虛火旺者更需慎用。服藥期間均應忌食生冷油膩，香砂六君子丸使用者還需避免辛辣刺激食物以防加重氣滯。
六君子丸多用于術后胃腸功能恢復、放化療后食欲減退。香砂六君子丸在幽門螺桿菌感染輔助治療、胃食管反流病管理中應用較多，其抑菌抗炎作用較六君子丸更顯著。
兩種藥物均需在中醫辨證后使用，不可自行長期服用。脾胃虛弱者日常可配合山藥、薏苡仁等食療，避免過度勞累和情緒緊張。若服藥兩周癥狀未緩解，或出現口干便秘等不良反應，應及時停用并就醫調整用藥方案。
