補腦丸與部分藥物存在配伍禁忌，需避免與中樞神經抑制劑、單胺氧化酶抑制劑、抗凝血藥、含鈣鎂鋁藥物及強心苷類藥物合用。
1、中樞神經抑制劑：
補腦丸含有人參、遠志等興奮中樞成分，與苯巴比妥、地西泮等鎮靜催眠藥聯用可能產生藥效拮抗。兩類藥物同時使用可能影響睡眠調節功能，出現嗜睡或過度興奮交替現象。
2、單胺氧化酶抑制劑：
補腦丸中的酪氨酸類物質與異煙肼、司來吉蘭等單胺氧化酶抑制劑合用可能引發高血壓危象。這類組合會干擾體內單胺類神經遞質代謝，導致頭痛、心悸等不良反應風險增加。
3、抗凝血藥物：
當歸、川芎等活血成分與華法林、阿司匹林聯用可能增強抗凝效果。合用期間需密切監測凝血功能，避免出現皮下瘀斑、牙齦出血等出血傾向。
4、含鈣鎂鋁藥物：
補腦丸中的有機酸成分與碳酸鈣、氫氧化鋁等金屬離子制劑合用可能形成絡合物。這種相互作用會影響雙方藥物的胃腸吸收率，建議間隔2小時以上服用。
5、強心苷類藥物：
其中甘草酸與地高辛合用可能誘發低鉀血癥。電解質紊亂會增強強心苷毒性，出現惡心、視覺異常等洋地黃中毒癥狀時需立即就醫。
服用補腦丸期間應保持飲食清淡，避免辛辣刺激食物影響藥效吸收。建議每日配合30分鐘有氧運動如快走、游泳促進血液循環，服藥時間與正餐間隔1小時以上。用藥期間出現頭暈、心悸等不適癥狀應及時咨詢醫師，慢性病患者需定期復查相關生化指標。中藥與西藥聯用需嚴格遵循醫囑，不可自行調整用藥方案。
